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1、點擊觸摸屏上的精靈球后就可以選擇主角了。同以往一樣，我們依然可以選擇男生或者女生作為自己操縱的主角，而未被選擇的一方將成為主角的對手。
2、故事開始在フタバタウン[雙葉鎮]，剛開始的時候主角在看電視。之后下樓，跟媽媽對話，得知對手在等自己，出門。鎮子左上角是對手的家，在門口處碰到對手，進去后在二樓見到對手，但他又跑掉了。出門后去村子上方的R-201，對手就在那里。對話后前往左邊的シンジこ[神事湖]。剛來到神事湖，就碰到了博士和副主角，對話后那兩人離開了，卻留下了一個箱子。此時2只野生PM突然沖了出來，主角打開箱子，三選一。
3、對手會選擇屬性克制主角所選PM的精靈。回到鎮子，碰到博士，但博士沒有要回PM就先回研究所了。回到家里和媽媽對話，得到跑步鞋，以后在移動時可以按住B鍵跑步前進了，這次在室內也可以跑步。
4、現在前往マサゴタウン[真砂鎮]找博士。剛進到鎮子就見到了副主角，并被副主角帶到研究所前。進去跟博士對話，正式獲得剛才選擇的PM，并且得到精靈圖鑒。走出研究所后，副主角會跟主角介紹鎮內的設施。回到家里跟媽媽對話，得到ぼうけんノート[冒險筆記]。此時對手的媽媽沖了進來，并請主角將包裹おとどけもの送給對手。
5、在真砂鎮的上方是R-202，副主角會給主角演示如何抓野生PM，這時我們可以發現他/她選擇了屬性被主角克制的PM。演示完畢后他/她會給主角5個精靈球。之后順路來到コトブキシティ[長壽市]。一進城就碰到了副主角，之后去市內的學校，碰到對手。將東西交給他后，得到タウンマップ[地圖]。學校右上角有兩位可挑戰的訓練師，使用Lv.6的凱西，打敗左邊的訓練師后可以得到TM10 めざめるパワー[覺醒之力]。城市右邊通往R-203出口旁的建筑中可以拿到せんせいのツメ[先制之爪]。
6、在R-203的洞里會遇到一個男子，他會給主角HM06 いわくだき[碎巖]，但是主角現在沒有徽章，不能使用HM打破巖石。繼續往右，走出山洞，來到クロガネシティ[黑金市]。來到黑金市的GYM[訓練館]，碰到對手，得知館主并不在此。從城市下方進入礦場，在深處找到館主，然后館主會回到訓練館，這之后就可以向他挑戰了。打敗館主后得到徽章和TM76 ステルスロック，HM06碎巖也可以使用了。
7、黑金市某個房間里的女子想用凱西來交換腕力，有興趣的話可以到R-207去抓一只腕力來交換。回到精靈中心，發現PC的地下一樓開啟，進去后，服務員小姐會給主角ともだちてちょう，此道具涉及到網絡通信。
