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7月13日晚間，南京銀行在官網發布《商業銀行代理村鎮銀行資金清算業務說明》稱，村鎮銀行的資金清算都是通過有清算資格的商業銀行代理的。商業銀行代理村鎮銀行清算是根據《中國人民銀行關于改善農村地區支付服務環境的指導意見》和《支付結算業務代理辦法》規定依法合規開展，是一項常規的代理業務。在代理清算過程中，作為代理清算行的商業銀行，負責清算指令的接收和按指令收付資金工作，只與被代理行和人民銀行發生清算關系。
說明中舉例，匯款人要將其在A銀行的資金轉給村鎮銀行，A銀行受理后，將該筆資金轉入A銀行在人民銀行開立的備付金賬戶，人民銀行根據A銀行的清算指令，將該筆資金轉入村鎮銀行的代理清算行在人民銀行開立的備付金賬戶，并通知代理清算行，代理清算行根據該指令，將該筆資金轉給村鎮銀行。在資金轉給村鎮銀行后，代理清算行的工作完成。
商業銀行代理村鎮銀行清算業務只作為資金清算通道，不承擔資金風險。
